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Genética Evolutiva y de la Conservación
Curso 2017/18
1. Datos Descriptivos de la Asignatura
ASIGNATURA: Genética Evolutiva y de la Conservación CÓDIGO: 205621922
- Centro: Facultad de Ciencias
- Titulación: Máster Universitario en Biología Marina: Biodiversidad y Conservación
- Plan de Estudios: 2013 (publicado en 08-02-2013)
- Rama de conocimiento: Ciencias
- Itinerario/Intensificación:
- Departamento/s: - Área/s de conocimiento:
  • Genética
- Curso: 1
- Carácter: Optativo
- Duración: Cuatrimestral
- Créditos ECTS: 3.0
- Horario: http://www.ull.es/view/master/biologiamarina/Horarios/es
- Dirección web de la asignatura: http://www.campusvirtual.ull.es
- Idioma: Castellano e Inglés (0,3 ECTS en Inglés)


2. Requisitos para cursar la asignatura
Se recomienda tener conocimientos de análisis genético.


3. Profesorado que imparte la asignatura
Profesor/a Coordinador/a: MARIANO NICOLAS HERNANDEZ FERRER
- Grupo: 1
- Departamento: Bioquímica, Microbiología, Biología Celular y Genética
- Área de conocimiento: Genética
- Lugar Tutoría: Facultad de Biología. Torre 1. Departamento de Genética.
- Horario Tutoría: Lunes, Martes y jueves de 16 a 18 horas. La tutoría de los jueves será online mediante la herramienta Hangouts (usuario: mnhdez@ull.edu.es), debido a la participación en el Programa de Apoyo a la Docencia Presencial mediante Herramientas TIC, modalidad B Tutorías Online.
- Teléfono (despacho/tutoría):
- Correo electrónico: mnhdez@ull.es
- Dirección web docente: http://www.campusvirtual.ull.es


4. Contextualización de la asignatura en el plan de estudio
- Bloque formativo al que pertenece la asignatura: Módulo optativo B.
- Perfil profesional: La asignatura proporcionará a los especialistas en Biodiversidad conocimientos avanzados sobre las herramientas necesarias para analizar e interpretar la variabilidad genética intra e inter-específica. Así como establecer unidades de gestión y conservación.


5. Competencias
Competencia asociada
[OPT8] Capacidad para aplicar análisis genéticos con el fin de determinar la diversidad genética o identificar unidades taxonómicas
Competencia básica
[CB6] Poseer y comprender conocimientos que aporten una base u oportunidad de ser originales en el desarrollo y/o aplicación de ideas, a menudo en un contexto de investigación.
[CB7] Que los estudiantes sepan aplicar los conocimientos adquiridos y su capacidad de resolución de problemas en entornos nuevos o poco conocidos dentro de contextos más amplios (o multidisciplinares) relacionados con su área de estudio.
[CB8] Que los estudiantes sean capaces de integrar conocimientos y enfrentarse a la complejidad de formular juicios a partir de una información que, siendo incompleta o limitada, incluya reflexiones sobre las responsabilidades sociales y éticas vinculadas a la aplicación de sus conocimientos y juicios.
[CB9] Que los estudiantes sepan comunicar sus conclusiones ¿y los conocimientos y razones últimas que las sustentan¿ a públicos especializados y no especializados de un modo claro y sin ambigüedades.
[CB10] Que los estudiantes posean las habilidades de aprendizaje que les permitan continuar estudiando de un modo que habrá de ser en gran medida autodirigido o autónomo.
Competencia específica
[E1] Capacidad para identificar, categorizar y clasificar organismos marinos vivos y las poblaciones y comunidades que constituyen.
[E2] Capacidad para realizar muestreos, inventariar y analizar poblaciones y comunidades, y diseñar experimentos relacionados con la biodiversidad y su conservación.
[E3] Capacidad para seleccionar y aplicar las técnicas instrumentales y de análisis más adecuadas para abordar el estudio del medio marino, su biodiversidad y su conservación.
[E4] Capacidad para desarrollar y asesorar en la realización de estudios y trabajos prácticos sobre biodiversidad marina y su conservación.
[E5] Capacidad para estimar y cuantificar la diversidad poblacional e interespecífica.
[E8] Capacidad para evaluar el estado de conservación de la biota marina, e identificar y realizar el seguimiento de las causas que afectan a su conservación.
[E9] Capacidad para valorar la vulnerabilidad de la biota marina.
[E10] Capacidad para categorizar, realizar seguimientos de especies marinas amenazadas y evaluar sus poblaciones.
[E11] Capacidad para reconocer especies marinas invasoras, saber impulsar estrategias de control y erradicación, y proponer soluciones a los problemas ambientales que ocasionan.
[E12] Capacidad para proponer acciones frente a problemas de conservación.
[E13] Capacidad para elaborar y desarrollar proyectos de investigación en el ámbito de la biodiversidad marina y su conservación, incluyendo proyectos de restauración ecológica y planes de recuperación de especies marinas.
[E14] Capacidad para evaluar y gestionar áreas marinas naturales, y diseñar reservas marinas, teniendo en cuenta los principios de la biogeografía insular.
[E18] Capacidad para organizar y gestionar parques y museos relacionados con la biodiversidad marina y su conservación.
[E19] Capacidad para impulsar innovaciones en el campo de la educación medioambiental relacionadas con la biodiversidad marina y su conservación.
Competencia general
[CG1] Conocer científicamente la estructura y función de los ecosistemas marinos, de los factores que potencialmente pueden afectarlos y de las técnicas de detección, evaluación, prevención y corrección de los impactos generados en el medio.
[CG2] Adquirir capacidades para aplicar e integrar conocimientos científicos amplios y multidisciplinares de la biodiversidad, conservación y gestión del medio marino.
[CG3] Adquirir capacidades prácticas específicas en el campo de la biodiversidad marina y conservación (por ejemplo, diseñar un plan de muestreo o evaluar un impacto ambiental), que permitan la resolución de problemas en entornos tanto conocidos como nuevos, enfrentarse a la complejidad de problemas multidisciplinares y formular juicios a partir de información fragmentaria, incompleta o limitada.
[CG4] Adquirir conocimientos sobre diversas actividades y su impacto en relación al desarrollo sostenible del medio marino, que permitirán el desarrollo de la capacidad para hacer reflexiones sobre las implicaciones sociales o éticas vinculadas a las decisiones que deben tomar sobre la evaluación del impacto de las actividades humanas sobre el ecosistema costero.
[CG5] Adquirir capacidades de acceder de forma autónoma a la literatura científica y a bases de datos existentes. Estas capacidades están íntimamente relacionadas con la adquisición de competencias para procesar la información y para generar nueva información de calidad y hacerla accesible a resto de la comunidad científica y a los responsables de tomar decisiones.
[CG6] Adquirir capacidades para ocupar un trabajo como científico marino.
[CG7] Adquirir capacidades para comunicar sus conocimientos y los resultados de su trabajo investigador a especialistas y no especialistas.
[CG8] Adquirir en el futuro nuevos conocimientos y aprender nuevas técnicas de manera autónoma.
[CG9] Adquirir capacidades de trabajar en equipo.


6. Contenidos de la asignatura
Contenidos teóricos y prácticos de la asignatura
- - Profesor: Mariano Hernández Ferrer
- Tema 1: Marcadores moleculares para el estudio de la variabilidad Genética. PCR-RFLP, SCARs, AFLPs, SSR,
Haplotipos, SNPs. Características análisis y aplicaciones.
- Tema 2: Conceptos básicos de Genética de Poblaciones.
- Tema 3: Fuerzas evolutivas: Migración, Mutación, Selección, Deriva. Estructura poblacional. Redes de haplotipos
- Tema 4: Genética y Conservación. Metapoblaciones y fragmentación. Unidades de conservación. Identidad individual.
Asignación a poblaciones. Gestión genética de programas de conservación.
- Tema 5: Filogenia Molecular. Alineamiento múltiple de secuencias. Conceptos básicos de filogenia. Monofilia, parafilia
y polifilia. Homología, analogía y homoplasia. Genes ortólogos y parálogos.
- Tema 6: Métodos de inferencia filogenética y modelos de evolución. Fiabilidad y contraste de hipótesis filogenéticas.
Árboles de distancia: Neighbor-Joining. árboles basados en caracteres: Máxima verosimilitud y bayesiano.

- Profesores: Mariano Hernández Ferrer

Prácticas de laboratorio: Estudio de la diversidad genética en una población natural mediante el uso de microsatélites y/o secuencias de ADN
Análisis y aplicaciones.

- Profesor: Mariano Hernández Ferrer
Prácticas de Aula de Informática:
- Alineamiento de secuencias y construcción de árboles filogenético de distancia, máxima verosimilitud y bayesiano.
- Análisis jerárquico de estructura poblacional y flujo génico entre poblaciones. Uso de programas habituaales en este
tipo de análisis: DnaSP, GenAlex, ARLEQUIN, Network.
Actividades a desarrollar en otro idioma
Temas: 3 y 4. en su totalidad por parte del Dr. Brent Emerson, IPNA, CSIC.
Para el resto de temas las presentaciones y bibliografía Prof. Mariano Hernández Ferrer


7. Metodología y volumen de trabajo del estudiante
Descripción
La metodología a utilizar consistirá en clases teóricas magistrales, además de clases prácticas en aula y laboratorio.

Actividades formativas en créditos ECTS, su metodología de enseñanza-aprendizaje y su relación con las competencias que debe adquirir el estudiante
Actividades formativas Horas presenciales Horas de trabajo autónomo Total Horas Relación con competencias
Clases teóricas  15.00      15  [CB6], [CB7], [CB8], [CG1], [CG3], [CG4], [CG6], [E1], [E2], [E5], [E8], [E9], [E10], [E11], [E13], [E14], [E18], [OPT8]
Clases prácticas (aula / sala de demostraciones / prácticas laboratorio)  12.00      12  [CB6], [CB7], [CB8], [CB9], [CB10], [CG3], [CG4], [CG9]
Estudio/preparación clases teóricas     20.00   20  [CG1], [CG3], [CG4], [CG6], [CG9], [E1], [E2], [E5], [E8], [E9], [E11], [E13], [E14], [E18], [OPT8]
Preparación de exámenes  1.00   12.00   13  [CG1], [CG3], [CG4], [CG6], [CG9], [E1], [E2], [E5], [E8], [E9], [E11], [E13], [E14], [E18], [OPT8]
Realización de exámenes  1.00      1  [CB6], [CB7], [CB8], [CB9], [CB10], [CG1], [CG2], [CG3], [CG7], [E1], [E2], [E3], [E4], [E5], [E8], [E9], [E10], [E11], [E12], [OPT8]
Realización de trabajos (individual/grupal)  1.00   13.00   14  [CB9], [CB10], [CG2], [CG5], [CG7], [CG8], [CG9], [E3], [E4], [E12], [E19]
Total horas  30   45   75 
Total ECTS  3 


8. Bibliografía / Recursos
Bibliografía básica
Frankham, R., Ballou, J.D. & Briscoe D.A. Introduction to Conservation Genetics. 2010. Cambridge University Press; 2nd Ed.
Graur, D & Li, W-H. Fundamentals of Molecular Evolution. 2000. Sinauer Associates; 2nd Ed.
Lemey, P. Salemi, M & Vandamme A-M. The Phylogenetic Handbook: A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing. 2009. Cambridge University Press; 2nd Ed.

Bibliografía complementaria
Bertorelle, G., Bruford, M. Hauffe, H. & Rizzoli, A. Population Genetics for Animal Conservation (Conservation Biology). 2009. Cambridge University Press; 1st Ed
Allendorf, F. and Luikart, G. Conservation and the Genetics of Populations. Wiley-Blackwell; 1st Ed. 
Hamilton, M. Population Genetics. 2009. Wiley-Blackwell; 1 Ed.
Hartl, D. Principles of Population Genetics. 2006. Sinauer Associates, Inc. 4th Ed.
Nei, M. & Kumar, S. Molecular Evolution and Phylogenetics. 2000. Oxford University Press, USA. 1st Ed
Artículos de las revistas: Molecular Ecology, Marine Biology, Trends in Ecology and Evolution, Molecular
Phylogenetics and Evolution, Evolution, entre otras.
Otros recursos
TIC proporcionadas por la Universidad de La Laguna a través de la Unidad de Docencia Virtual y el entorno de campus virtual (http://campusvirtual.ull.es/).


9. Sistema de evaluación y calificación
Descripción
1.- Convocatoria ordinaria:
El 60% de la calificación final lo constituye un examen teórico-práctico de preguntas de respuesta corta, test múltiple y cuestiones a resolver que cubrirán la totalidad de temas impartidos en las clases teórico-prácticas de la asignatura.
Para superar la asignatura se exigirá que el alumno al menos obtenga una calificación de 5 sobre 10 puntos posibles en este examen. El resto de la evaluación continua de la asignatura la constituye:
- La exposición de un trabajo individualizado que consistirá en la realización de un estudio filogenético mediante los tres métodos explicados en la asignatura y las conclusiones que del mismo deriven. Este trabajo constituirá un 20% de la nota final. Con el trabajo se pretende valorar la destreza en el uso de los softwares adecuados y en la interpretación de las relaciones filogenéticas obtenidas. El profesor realizará algunas preguntas para poder valorar estos extremos.
- Un trabajo sobre diseño y metodología en la búsqueda y análisi de marcadores (10%).
- Por último, la actitud y desenvolvimiento del alumno en el laboratorio de prácticas (10%).
La asistencia a más de un 80% de las clases magistrales y la realización del 100% del resto de actividades de la
asignatura será el requisito para tenerse en cuenta la evaluación continua. En caso de no cumplir con los requisitos o
decidiera renunciar a la evaluación continua, lo que podrá hacer mediante escrito al coordinador de la asignatura antes
del inicio del periodo de exámenes, dicha evaluación continua será valorada de la siguiente manera:
Para la calificación del trabajo individualizado será la que obtenga en un ejercicio "caso práctico" a realizar el mismo
día del examen final mientras que las calificaciones del trabajo de diseño y metodología de marcadores y de prácticas
de laboratorio será la que obtenga en un examen adicional, a realizar el mismo día del examen final, en el que
mediante una serie de preguntas de tipo test múltiple ponga de manifiesto sus conocimientos en la metodología de los
diversos marcadores utilizados en Genética evolutiva y en los aspectos prácticos de la asignatura.
En el caso de las convocatorias extaordinarias, la evaluación será exactamente igual a la de la convocatoria ordinaria.

Estrategia Evaluativa
TIPO DE PRUEBA COMPETENCIAS CRITERIOS PONDERACIÓN
Pruebas de respuesta corta  [CB6], [CB7], [CB8], [CG1], [CG2], [CG4], [CG5], [CG6], [CG8], [E1], [E2], [E5], [E8], [E9], [E10], [E11], [E13], [E14], [E18], [OPT8]   Responder satisfactoriamente más del 50% de las preguntas    60% 
Trabajos y proyectos  [CB9], [CB10], [CG2], [CG5], [CG6], [CG7], [CG9], [E3], [E4], [E10], [E12], [E19], [OPT8]   Defensa adecuada del trabajo y conclusiones del mismo. Pulcritud en la presentación del trabajo.   20% 
Valoración de la destreza técnica desarrollada en el laboratorio y/o prácticas de campo  [CB6], [CB7], [CB8], [CG3], [CG4], [CG9]   Actuación y desenvolvimiento en el laboratorio   10% 
Trabajo sobre estrategias y metodologías utilizadas en la búsqueda de marcadores moleculares  [CB9], [CB10], [CG2], [CG5], [CG6], [CG7], [CG8], [CG9]   Explicación adecuada de la metodología utilizada en el diseño de un marcador molecular   10% 


10. Resultados de Aprendizaje
 Saber:

- Memorizar los conceptos básicos de la Genética de poblaciones.
- Relacionar los distintos marcadores moleculares dadas sus características, con su utilidad en estudios filogenéticos, sistemática, genética de poblaciones y biología de la conservación.
- Distinguir los distintos procesos que moldean la variación genética molecular en las poblaciones naturales.
- Valorar los principales métodos de inferencia de relaciones entre poblaciones.
- Diferenciar los principales métodos de inferencia de relaciones entre especies.

Saber hacer:

- Diseñar y elegir la metodología a utilizar (marcadores y muestras) para estimar la variabilidad genética de las poblaciones.
- Elegir y aplicar los programas adecuados para analizar y detectar los efectos de la deriva genética, la selección, la mutación, la fragmentación y la selección en poblaciones.
- Aplicar las herramientas moleculares al estudio de los procesos evolutivos en relación con la distribución geográfica y la historia de las poblaciones y especies.
 


11. Cronograma / calendario de la asignatura
Descripción
 Inicialmente, el alumno conocerá los distintos marcadores moleculares utilizados en los estudios de biodiversidad y conservación, su detección y análisis, así como su correcta aplicación a los distintos problemas con los que nos podemos encontrar. Posteriormente, analizará diversos métodos de filogenia molecular y calibración de tiempos de evolución.
El presente cronograma, de carácter orientativo y dependiente de la organización docente del cuatrimestre, recoge la distribución prevista de actividades a lo largo del curso. Se remite a los horarios publicados en la web y en los tablones de la facultad para consultar el calendario de la asignatura y la distribución de las diferentes actividades presenciales programadas.
 


Segundo Cuatrimestre
SEMANA Temas Actividades de
enseñanza aprendizaje
Horas
de trabajo
presencial
Horas
de trabajo
autónomo
Total
Semana 1:              0 
Semana 2:              0 
Semana 3:              0 
Semana 4:              0 
Semana 5:              0 
Semana 6:              0 
Semana 7:              0 
Semana 8:              0 
Semana 9:              0 
Semana 10:              0 
Semana 11:              0 
Semana 12:  1, 2, 3   Saber elegir el marcador molecular adecuado
para estudios de biodiversidad en función del
objetivo perseguido. Saber aplicar los
métodos de análisis de marcadores
moleculares en poblaciones para estimar la
variabilidad genética, el grado de
estructuración de las poblaciones y flujo
génico entre las mismas. 
 12.50   15.00   27.5 
Semana 13:  4, 5, 6   Saber aplicar las técnicas de análisis de
poblaciones y entender los resultados de las
mismas en estudios de conservación. Saber
aplicar el análisis genético en estudios de
filogenias y reconocimiento del status
taxonómico. 
 15.00   15.00   30 
Semana 14:     Preparación de trabajos      4.50   4.5 
Semana 15:     Preparación de trabajos      4.50   4.5 
Semanas 16 a 18:  Evaluación   Presentación y defensa de trabajo de diseño y metodología. Presentación y defensa de trabajo filogenética, Preparación y realización de Examen..   2.50   6.00   8.5 
Total horas 30 45 75

Fecha de última modificación: 26-07-2017
Fecha de aprobación: 20-07-2017